Esta Adjuntía es la encargada de proponer y ejecutar la política de la institución relativa a la protección de los derechos humanos y de las personas con discapacidad. Sus principales líneas de trabajo son las violaciones a los derechos humanos como producto de la violencia política ocurrida en décadas pasadas (desapariciones forzadas, ejecuciones extrajudiciales) y en la actualidad (torturas, detenciones arbitrarias), así como la defensa y promoción de los derechos de las personas con discapacidad (accesibilidad, salud, educación, empleo). Forma parte de su organización interna el Centro de Información para la Memoria Colectiva y los Derechos Humanos. Actualmente, está a cargo de la Dra. Gisella Vignolo.