Tiene como función promover el respeto y protección de los derechos de los pueblos indígenas y comunidades nativas, así como promover la capacidad de interlocución de éstos ante el Estado. Realiza una supervisión permanente a los funcionarios y servidores públicos que están a cargo de la problemática indígena en el país y colabora con las tareas de capacitación para funcionarios públicos y representantes de organizaciones indígenas. Actualmente está a cargo de la Dra. Alicia Abanto.